Peu de temps avant la Seconde Guerre Mondiale l'idée de créer un musée à Concarneau est à l'ordre du jour. Cette idée originale de mettre en avant le patrimoine de la ville est à nouveau d'actualité en 1960. Elle émane de Charles Viaud (1920-1975), artiste peintre originaire de Concarneau et résidant à Nantes.

Lors de la création du musée, « Les Amis du Musée de la Pêche » ont défini un projet ambitieux et inédit en France. Le futur musée doit s'intéresser à l'histoire des pêches selon les espèces, à l'évolution des techniques et des navires, mais aussi aux sciences auxiliaires comme la navigation, la cartographie ou encore la biologie. Tous ces thèmes devront être abordés au regard de la réalité locale, mais aussi en référence aux traditions maritimes du monde entier. Au nom « Musée de la Pêche » est associé celui d' « aquariums marins », au nombre de 22 dès 1962. A cela s'ajoute des animaux marins naturalisés ainsi que des moulages. L'influence du muséum d'histoire naturelle est ici bien présente.

La collection du Musée de la Pêche s'est constituée de manière progressive à un moment charnière de l'histoire de la ville et de son port. Dès le début, les dons ont afflué, principalement de la part de la population locale. Une part importante de la collection est rassemblée entre 1961 et 1970. A partir de 1975 la philosophie des collections évolue. Le musée jusque là conservateur de l'histoire halieutique, veut également être un observatoire des techniques de pêche et de la construction navale contemporaine. Un nombre important de maquettes de navires et de dioramas vont intégrer les collections.

Le musée présente aujourd'hui un parcours chronologique et thématique constitué de collections de natures diverses allant du bateau à flot visitable, aux bateaux exposés à l'intérieur du musée, en passant par les maquettes et dioramas, objets usuels(outillage, instruments de navigation, objets du quotidien...) et documents graphiques(affiches, cartes marines, peintures, dessins).